糜蛋白酶的副作用主要包括：

1. 過敏反應，如皮疹、皮膚瘙癢，嚴重時可能出現呼吸困難甚至過敏性休克。
2. 注射部位疼痛，可能持續數天。
3. 藥物劑量依賴性，如果不能很好地掌握劑量，長時間使用可能導致藥物過量，增加副作用。
4. 增加感染風險，尤其是在使用糜蛋白酶時，因為對于有感染風險的患者，如肺部感染、泌尿系感染等，使用糜蛋白酶會增加感染風險。

此外，使用糜蛋白酶前必須進行皮膚試驗，避免出現過敏反應。請注意，這些信息是基于一般常識和經驗，可能并不適用于所有人。在使用任何新的藥物或治療方法時，都應該咨詢專業醫生，并遵循醫生的建議。